Během druhé světové války probíhaly z nádraží transporty pražských Židů do ghett v Lodži a Terezíně.
Když v roce 1850 přivedl Negrelliho viadukt železnici z Masarykova nádraží do Buben v rámci výstavby Severní státní dráhy, tak se nepočítalo s výstavbou nádraží. To se změnilo s prodloužením Buštěhradské dráhy z Dejvic do Buben v roce 1868, kdy bylo naplánováno nádraží pro obě společnosti. Realizaci stavby v letech 1868-1873 provedla společnost Buštěhradská dráha, která postavila jednopatrovou výpravní budovu s krytou sedlovou střechou a nástupištní verandou. Společnost státní dráhy si v sousedství postavila rozsáhlé nákladní a seřaďovací nádraží.
Dnešní podoba nádraží Bubny je spojena s přestavbou v roce 1932, která budovu zvětšila o plochu čekáren, restaurace a kanceláří. Nástupní verandu nahradilo kryté nástupiště. Nádraží Bubny patří mezi smutné místa paměti, protože právě odsud probíhaly nacistické deportace židů do koncentračních táborů během druhé světové války. Nádraží bylo roku 2004 zapsáno na seznam kulturních památek, ale od 2008 bylo vyškrtnuto na žádost vlastníka. Na památku obětí byl v roce 2015 u nádraží vztyčen pomník Brána nenávratna. V budoucnu by se nádraží mělo přestavět na Památník ticha. V rámci modernizace trati Praha – letiště – Kladno by měla vzniknout nová železniční zastávka Praha-Bubny, která se posune blíž k Negrelliho viaduktu a bude mít přímé napojení na stanici metra Vltavská.
Bližší informace o železničním podnikání firmy Lanna naleznete ZDE
