Po čase se ukázalo, že nosnost železné konstrukce mostu a jeho kapacita jsou nedostatečné, proto byl v roce 1901 nahrazen novým dvojkolejným mostem s pěší lávkou, který byl rovněž příhradové konstrukce. Nosníky mají poloparabolický tvar a jsou položeny na dvou pilířích. Most je doplněný na Výtoňské straně předmostím. Projekt vytvořil František Prášil, spolumajitel libeňské mostárny Bratři Prášilové & spol., jejíž inženýr Jan Kolář navrhl rychlou výměnu hlavní konstrukce. Unikátní výměna mostu započala 30. září. 1901 v 6:00 ráno, druhý den proběhla zatěžkávací zkouška a už 2. října v 11:00 byl vlakový provoz obnoven. Libeňská mostárna také vyrobila a osadila střední pole mostu, smíchovské pole realizovala Pražské mostárna Českomoravské továrny na stroje a vyšehradské pak mostárna Ruston & spol. Nové pilíře postavila firma Gregersen a synové.

Od roku 2004 byl most zapsán na seznam nemovitých kulturních památek. Součástí mostu je i kamenný viadukt (Vyšehradský), který propojuje most s Vyšehradským nádražím. Most dlouhodobě chátrá a vyžaduje rozsáhlou rekonstrukci. V letech 2018–2019 nechalo město Praha rekonstruovat pěší lávky, které musely být v roce 2017 pro zchátralost uzavřeny. Správa železnic představila 23.listopadu 2022 vítězný návrh na nový tříkolejný železniční most ocelové konstrukce typu síťového oblouku od studia 2T engineering. Nový most má nahradit původní ocelovou konstrukci a bude umístěn na stávajících dvou pilířích. Proti plánům Správy železnic se postavila veřejnost a vznikla petice za záchranu historického mostu.

Bližší informace o železničním podnikání firmy Lanna naleznete ZDE